巴图巴根，蒙古族。吉林镇赉人。１９４６年加入中国共产党。曾任内蒙古人民革命青年团总务部部长，内蒙古人民自卫军师政治部副主任、团政委。建国后，历任中共呼纳盟委宣传部部长，内蒙古自治区东部区委宣传部副部长，巴彦淖尔盟委第一书记，呼和浩特市委第一书记，呼和浩特市市长，中共伊克昭盟委第一书记，伊克昭盟盟长，内蒙古自治区人民政府副主席，内蒙古自治区第六、七届人大常委会主任，中共内蒙古自治区区委副书记。是中共第十二、十三届中央候补委员，第四至六届全国人大代表。