吕祖善(1946年11月-),浙江杭州人,1966年3月加入中国共产党,1968年9月参加工作,中共中央党校培训部毕业,中央党校研究生学历,高级工程师。
1963年9月至1968年9月在南京航空学院航空发动机系发动机设计专业学习。
1968年9月至12月留校待分配。1968年12月至1970年4月在中国人民解放军部队农场劳动锻炼。
1970年4月至1975年1月任湖南邵阳水轮发电机厂技术员。
1975年1月至1979年8月任浙江省汽车工业公司生产技术科质量组组长、技术员。
1979年8月至1983年3月任浙江省机械厅企业管理处工程师。
1983年3月至1991年5月任浙江省机械厅副厅长、党组副书记(其间:1983年9月至1985年7月在中共中央党校培训部学习)。
1991年5月至1993年2月任浙江省机械厅厅长、党组书记。
1993年2月至1995年7月任中共浙江省委秘书长。
1995年7月至1998年12月任中共浙江省委常委、省委秘书长(其间:1997年3月至6月在中共中央党校进修一班学习)。
1998年12月至2002年12月任中共浙江省委常委、浙江省副省长。
2002年12月至2003年1月任中共浙江省委副书记、浙江省副省长。
2003年1月至今任中共浙江省委副书记、浙江省省长。
中共第十六届中央候补委员,第十七届中央委员。